نمایشگر یک مطلب نمایشگر یک مطلب

اطلاعات شخصی:

نام و نام خانوادگی: لیلا کرمی                        

تاریخ تولد: 11/6/62    

تلفن: 09193155894   

آدرس الکترونیکی:   l_karami@khu.ac.ir

                  karami.leila1@gmail.com

آدرس محل کار: ایران، تهران، دانشگاه خوارزمی، دانشکده علوم زیستی، گروه سلولی و مولکولی

 

        

سابقه تحصیلی:

کارشناسی            رشته: شیمی محض     دانشگاه: شهید بهشتی (1385-1381)  

کارشناسی ارشد    رشته: شیمی فیزیک    دانشگاه: تربیت مدرس  (1387- 1385)                  

دکتری                 رشته: شیمی فیزیک   دانشگاه: خواجه نصیر الدین طوسی  (1391- 1387)   

پسا دکتری           رشته: شیمی فیزیک محاسباتی  دانشگاه: خواجه نصیر الدین طوسی (1393-1392 )

پسا دکتری           رشته: بیوفیزیک محاسباتی   دانشگاه: تهران (IBB)   آغاز دوره: (1395- 1394)

   

 

عنوان پایان نامه در دوره کارشناسی ارشد:

-         بررسی اثرات پیوندهای هیدروژنی در ساختار بتاآمیلوئید, با استفاده از محاسبات کوانتومی DFT تانسورهای شیب میدان الکتریکی و پوشیدگی شیمیایی بر روی هسته­ های نیتروژن, اکسیژن, کربن و هیدروژن

 

عنوان پایان نامه در دوره دکتری:

-         مطالعه برهمکنش پروتئین Proline-Rich Homeodomain (PRH) با DNA با استفاده از  شبیه ­سازی دینامیک مولکولی

 

 

عنوان پروژه های دوره های پسا دکتری:

-         مطالعه برهمکنش داروی ضد سرطان سیتارابین با غشای لیپیدی با استفاده از شبیه­سازی دینامیک مولکولی

 

-         بررسی برهمکنش میان  برخی از مهار کننده های جدید و  آنزیم اپوکساید هیدرولاز محلول (sEH) با استفاده از داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی

 

 

سابقه تدریس :

-         مدرس دروس شیمی عمومی 1، شیمی عمومی 2، آزمایشگاه شیمی فیزیک،  اصول محاسبات شیمی صنعتی ، زبان تخصصی شیمی در دانشگاه آزاد شهر قدس (از سال 89 تا 94)

-         مدرس کارگاه آموزشی HyperChem در هفتمین کنفرانس آموزش شیمی ایران ( شهریور 90 – دانشگاه زنجان)

-         مدرس دومین کارگاه مدلسازی و شبیه­سازی نانوسیستم­های زیستی ( 24-21 آذر 91- دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی)

-         مدرس کارگاه آموزشی نرم­افزار محاسبات دینامیک مولکولی (GROMACS) ( اسفند 91 – جهاد دانشگاهی)

-         مدرس کارگاه آموزشی نرم­افزار محاسبات دینامیک مولکولی (GROMACS) ( آذر 92 – دانشگاه امیرکبیر)

-         مدرس کارگاه آموزشی نرم­افزار محاسبات دینامیک مولکولی (GROMACS) ( اسفند 92 – دانشگاه پیام نور شیراز)

-         مدرس کارگاه آموزشی نرم­افزار محاسبات دینامیک مولکولی (GROMACS) ( مهر 93 – دانشگاه خواجه نصیر الدین طوسی)

 

شرکت در کارگاه­های آموزشی :

-         مباحث پیشرفته در داکینگ مولکولی (خرداد 1393 – مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک دانشگاه تهران)

-         طراحی محاسباتی دارو ( خرداد 1393 – مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک دانشگاه تهران)

-         آشنایی با نرم­افزار کوانتوم اسپرسو ( آبان 93 - دانشگاه خواجه نصیر الدین طوسی)

-         شناخت و کاربرد اولتراسونیک ( آبان 93 - دانشگاه خواجه نصیر الدین طوسی)

-         هشتمین کارگاه محاسبات سریع و تورین / HPC8 ( آذر 93 – پژوهشگاه دانش های بنیادی)

 

عضویت ­ها :

-         عضو انجمن شیمی ایران  (1389 تا کنون)

-         عضو انجمن بیوانفورماتیک ایران (1393 تا کنون)

 

مهارت های کامپیوتری:

Operating Systems:                  Windows, Linux

 

Programming Languages:        C, Python

Chemistry Soft wares:              Gauss view, ISIS Draw, Chem Office, Mercury

Viewer Soft wares:                   VMD, Cn3D, S-pdbV, ViewerLite, MolMol, Pymol, Chimera                                           

Computational Soft wares:       Gaussian, Gromacs, Amber, g Open Mol, HyperChem, AutoDock,

                                                  AutoDock Vina, 3DNA, CURVE+, NUCPLOT, Discovery Studio

 

 

 

علائق تحقیق و مطالعه :

-         زمینه ­های مختلفی از شیمی محاسباتی و زیست محاسباتی مانند شبیه ­سازی دینامیک مولکولی به خصوص در مورد سیستم­های زیستی،

-         مدلسازی مولکولی،

-         محاسبات کوانتومی،

-         داکینگ،

-         QSAR، 

-         طراحی محاسباتی دارو

-         بررسی نانوساختارها در انتقال دارو

 

 

 

مقالات منتشر شده ISI :

1)     Leila karami, Hadi Behzadi, Nasser L. Hadipour, Morteza Mousavi-khoshdel.

"Study of C=O···H–N Hydrogen bond interactions in Amyloid beta (Aβ): A DFT study of the electric field gradient and CS tensors and NBO analysis" Computational and Theoretical Chemistry. 965 (2011) 137–145.

 

 

2)     Seifollah Jalili, Leila Karami.

"Study of Intermolecular Contacts in the (Proline-Rich Homeodomain) PRH-DNA Complex Using Molecular Dynamics Simulations" European Biophysics Journal. 41 (2012) 329–340.

 

      3) Seifollah Jalili, Leila Karami, Jeremy Schofield.

"Study of base pair mutations in proline-rich homeodomain (PRH)–DNA complexes using molecular dynamics" European Biophysics Journal. 42 (2013) 427-440.

 

     4)  Leila Karami, Seifollah Jalili.

"Effects of Cholesterol Concentration on the Interaction of the Cytarabine with Lipid Membranes: A Molecular Dynamics Simulation Study" Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. 33 (2015) 1254-1268.  

 

     5)  A. Soltani, Z. Azmoodeh, M. Bezi Javan, E. Tazikeh Lemeski, L. Karami.

"A DFT study of adsorption of glycine onto the surface of BC2N nanotube", Applied Surface Science. 84 (2016) 230-236.

 

6)      L. Karami, A. A. Saboury, E. Rezaee, S. A. Tabatabai.

"Investigation of the binding mode of some oxadiazole derivatives as amide-based inhibitors for soluble epoxide hydrolase (sEH) by molecular docking and MM-GBSA", Accepted in European Biophysics Journal. DOI: 10.1007/s00249-016-1188-0.

 

7)      L. Karami, E. Tazikeh, A. A. Saboury.

"Molecular Dynamics Simulation and Free Energy Studies on the Interaction of Salicylic Acid with Human Serum Albumin (HSA)", Physical Chemistry Research. 5 (2017) 483-496.

 

 

سخنران مدعو:

-         اولین کارگاه آموزشی مدلسازی و شبیه­سازی نانو سیستم­های زیستی ( خرداد 91- دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی)

-         پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی ( کاربردهای شبیه­سازی دینامیک مولکولی در شیمی دارویی) (آذر 92))

 

 

مقالات ارائه شده در کنفرانس ها :

 

عنوان مقاله

تاریخ ارائه

عنوان و محل کنفرانس

توضیحات

Density functional theory study of

N-H…O=C hydrogen bonding effects in structure of beta amyloid

26-23 تیر 87

یازدهمین سمینار شیمی فیزیک – دانشگاه محقق اردبیلی

پوستر

Molecular dynamics analysis of Proline-Rich Homeodomain (PRH) – DNA interaction

26-23

فروردین 89

سیزدهمین سمینار شیمی فیزیک – دانشگاه شیراز و صنعتی شیراز

پوستر

Study of intermolecular contacts in the (proline-rich homeodomain) PRH – DNA complex using molecular dynamics simulations

9-6  اسفند 89

چهاردهمین سمینار شیمی فیزیک – پردیس بین المللی کیش دانشگاه تهران

پوستر

Predicting the effects of basepair mutations in proline-rich homeodomain (PRH)-DNA complex by thermodynamic integration

16-13 شهریور 91

پانزدهمین سمینار شیمی فیزیک – پردیس علوم دانشگاه تهران

سخنرانی

Dynamical and Structural Properties of Cytarabine in a Lipid Bilayer : A Molecular Dynamics Study

 

30 اردیبهشت -1 خرداد 93

پنجمین همایش بیوانفورماتیک ایران – دانشگاه تهران

سخنرانی

Molecular Dynamics Simulation Study of Charged and Uncharged

Isoniazid in a DPPC Lipid Bilayer

 

29 مهر –

 1 آبان 93

هفدهمین سمینار شیمی فیزیک – پردیس علوم دانشگاه خواجه نصیر الدین طوسی

سخنرانی

Study of Interaction between Human Growth Hormone and Zinc Ions by Molecular Dynamic Simulations 

29 مهر –

 1 آبان 93

هفدهمین سمینار شیمی فیزیک – پردیس علوم دانشگاه خواجه نصیر الدین طوسی

پوستر

Molecular docking and molecular dynamics simulation study of the interaction between new amide-based inhibitors and soluble epoxide hydrolase

30 آذر – 3 دی 94

چهاردهمین همایش علوم دارویی ایران و اولین سمپوزیوم بیوفارماسی و فارماکوکینتیک - دانشگاه علوم پزشکی تهران

پوستر

Exploring the complex formation between a mutant DNA and the Wild type Hoxc8 protein: A MD simulation approach

25-23

آذر 95

ششمین همایش بیوانفورماتیک ایران – دانشگاه تهران

پوستر

Discovery of Phytochemicals Targeting c-Met Kinase Domain using Consensus Docking and Molecular Dynamics Simulation Studies

25-23

آذر 95

ششمین همایش بیوانفورماتیک ایران – دانشگاه تهران

پوستر

 

 

 

مقالات منتشر شده در مجلات علمی - ترویجی :

لیلا کرمی،  محاسبات انرژی پیوند و انرژی سطح در فلزات (ترجمه). مجله شیمی – سال بیست و یکم، شماره های اول و دوم 1389.

لیلا کرمی، میترا پیرحقی و علی اکبر صبوری، شاخص­های مرسوم و جدید در علم سنجی. مجله نشا علم، سال ششم، شماره اول، دی 94

 

 

ترجمه و تالیف کتاب :

ترجمه کتابِ Physical Chemistry for Biological Science (گوردون هامس) – انتشارات دانشگاه شهید باهنر کرمان

 

داوری مقالات :

-        داوری مقاله در ژورنال (ELSEVIER)    Computational and Theoretical Chemistry

-         داوری مقالات هفدهمین کنفرانس شیمی فیزیک ایران (29 مهر تا آبان 93 – دانشگاه صنعتی خواجه نصیر الدین طوسی)

 

مشاوره پایان نامه:

بررسی پارامترهای ساختاری پروتئین آلبومین سرم انسانی در برهمکنش با آسپیرین با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی – دانشگاه آزاد اسلامی واحد گرگان.